Насамперед, контролюючим органом порушуються плани перевірок фармацевтичних  закладів. Виявлено факти проведення останніх до настання терміну, зазначеному у плані роботи. Вказані порушення є непоодинокими і систематичними.

В розріз із законом іде й неякісне планування. Так, до плану роботи інспекції на другий квартал 2011 року безпідставно включено об’єкт, який більше ніж півроку не здійснює свою діяльність.

Всупереч вимогам Закону України «Про лікарські засоби», інспекцією не в повній мірі реалізуються надані державою повноваження під час проведення перевірок. Зокрема, право на відбір зразків лікарських засобів для лабораторної перевірки їх якості.

Допускаються порушення існуючих вимог й при складанні Актів про результати перевірок дотримання суб’єктами господарської діяльності вимог законодавства щодо забезпечення якості лікарських засобів.

Крім того, фахівцями інспекції ігноруються вимоги законодавства про звернення громадян. Всупереч вимог Закону України «Про звернення громадян», в Інспекції обмежено особистий прийом. Цим порушуються конституційні права громадян на особистий прийом та розгляд їх звернень.